植物细胞中有三个相对独立的基因组 ，即核基因组、叶绿体基因组和线粒体基因组，后两者常被称为细胞器基因组。RNA转录后加工，包括内含子剪接、RNA 编辑、5’和3’端成熟等在植物细胞器基因组的基因表达和调控中很常见。植物 细胞器RNA 编辑已有一些 报道，包括 无油樟（ Amborella trichopoda） 及鹅掌楸（ Liriodendron tulipifera） 的细胞器RNA 编辑，但 内含子剪接及其与RNA 编辑的相互作用研究较少。中国西南野生生物种质资源库 利用PacBio Sequel 平台的三代测序技术和Illumina Hiseq 平台的二代测序技术，选择被子植物基部类群 睡莲属植物品种黄 乔伊（ Nymphaea‘Joey Tomocik’）为研究对象，获取了其 细胞器基因组和转录组序列。在此基础上， 组装出其完整 的叶绿体基因组 和线粒体基因组（图1 ），随后将全长转录组（Iso-seq）序列 分别比对到两个细胞器基因组，并 将去除核糖体RNA策略（rRNA-）建库（ 未经多聚腺苷酸 富集polyA +） 的链特异性转录组测序（RNA-seq） 数据（reads 及Trinity组装转录本）分别比对到两个细胞器基因组，据此 获取了 睡莲属植物 细胞器基因组在转录后RNA加工过程（内含子剪接及RNA编辑）的概貌。

基于全长转录组数据，可以校正基于同源性的 细胞器基因组注释结果。该 研究发现，Gen Bank 数据库中多数植物 （包括拟南 芥、 水稻、 无油樟等）的 线粒体基因nad4-i2上下游的 两个外显子间的 边界存在 注释错误。基于转录本比对结果， 检测到了睡莲属植物 细胞器基因组中全部7 个反式剪接内含子（叶绿体中的rps12-i1 、nad1-i1 、nad1-i3 、nad1-i4 、nad2-i2 、nad5-i2 、nad5-i3 ）的剪接证据，以及除转运RNA 基因中的内含子以外 的其它基因的全 部顺式内含子的剪接证据。此外，该研究还首次 检测到了线粒体基因nad4（含三个顺式剪接内含子）的全部8 种可能的内含子剪接产物； 反式剪接和顺式剪接的发生互有先后，此 结果表明， 细胞器基因组的内含子剪接是随机发生的， 没有先后顺序（图2 ）。